Từ khoảng năm 1790, Thạch Nhị gia nhập quân Tây Sơn và làm tới chức tổng binh.[1] Năm 1797, ông được Tây Sơn ban chức Đại tướng quân nhà Tây Sơn (Ninh Hải Phó Tướng Quân 甯海副將軍), tước Bình Ba Vương. Sau sự thất trận của Tây Sơn tại Huế (trong tháng 6 năm 1801), Thạch Nhị trở lại căn cứ Vị Châu và tạo ra một liên minh với Trịnh Nhất để tấn công các đoàn tàu chở muối cướp bóc các thuyền buôn ở vùng duyên hải Quảng Đông và vịnh Bắc Bộ. Sau đó ông liên kết với Trịnh Nhất trong một loạt các cuộc đột kích. Với một đoàn thuyền gồm 160 chiếc thuyền buồm, ông ta cuối cùng đã trở thành lãnh chúa.

Sau khi lên ngôi, Gia Long kiên quyết trấn áp nạn hải tặc tại đảo Giang Bình để lập lại trị an, đồng thời cũng là một biện pháp tiêu diệt các tàn dư của Tây Sơn. Qua nhiều lượt càn quét, căn cứ Giang Bình bị lực lượng thủy quân nhà Nguyễn san phẳng và thủ lĩnh Trịnh Nhất cũng bị tiêu diệt. Tàn quân còn lại của các nhóm hải tặc phải tháo chạy về Trung Quốc.